Obec Bohušov sousedí na severu s Osoblahou, na severovýchodě s Polskem (gmina Głubczyce), na jihovýchodě s Rusínem, na jihu se Slezskými Rudolticemi, na jihozápadě s Liptaní a na severozápadě s Dívčím Hradem. Od okresního města Bruntál je vzdálena 55 km a od krajského města Ostrava 90 km.

Geomorfologicky patří Bohušov k provincii Středoevropská nížina, subprovincii Středopolské nížiny, oblasti Slezská nížina (geomorfologický celek Opavská pahorkatina, podcelek Osoblažská nížina); jen západní část (Dolní Povelice) patří k provincii Česká vysočina, subprovincii Krkonošsko-jesenické (Sudetské), oblasti Jesenické (Východosudetské) (geomorfologický celek Zlatohorská vrchovina, podcelek Jindřichovská pahorkatina). Nejvyššími místy obce jsou kopec V Pekle (318 m n. m.) na katastru Nové Vsi a Červený vrch (308/307 m n. m.) u Dolních Povelic, dále Dubský kopec (284 m n. m.) a kopec s hradem Fulštejnem (270 m n. m.) nad Bohušovem.

Území Bohušova patří do povodí Odry, resp. řeky Osoblahy, která obcí protéká v četných záhybech ze západu na sever. Přitom postupně přijímá četné přítoky: Liptaňský potok, Povelický potok, Lužnou, Karlovský potok, Hrozovou a Pomezní potok. Na území obce se nacházejí také Bohušovský a Fulštejnský rybník.

Území obce pokrývá z 73,5 % zemědělská půda (65 % orná půda, 7 % louky a pastviny), z 19 % les a z 5 % zastavěné a ostatní (např. průmyslové) plochy.